Nhà thờ ông nay ở Xóm 2 xã Đông Sơn, huyện Đô Lương, tỉnh Nghệ An. Hiện vẫn còn lưu giữ được nhiêu hiện vật như Bia đá (được làm năm Mậu Tý 1880, do các học trò là phó bảng, cử nhân, tú tài phụng soạn), Kiệu, sắc phong và các đồ tế khí liên quan.

Nhà thờ tiến sĩ Nguyễn Nguyên Thành được Ủy ban nhân dân tỉnh Nghệ An công nhận là Di tích lịch sử văn hóa.

Tên ông dự định đặt cho một con đường ngắn nối đường Hải Thượng Lãn Ông và đường Lý Tự Trọng tại phường Hà Huy Tập, thành phố Vinh nhưng nhiều ý kiến phản đối nên đã không thực hiện (đường này sau đặt là Phan Thái Ất).